In tema di etichettatura dei prodotti biologici, preme preliminarmente evidenziare come gli stessi devono rispettare non solo le prescrizioni generali previste dal regolamento (UE) 1169/2011, ma anche ulteriori disposizioni specifiche previste da altre normative comunitarie, come il regolamento (CE) 834/2007 e il regolamento (CE) 889/2008. 

Il regolamento (CE) 834/2007 prevede, in via generale, che solo i prodotti conformi alle disposizioni dallo stesso dettate potranno riportare, nell'etichettatura o nella pubblicità, i termini "biologico", "bio" e "eco" (articolo 23). Viene sancito il divieto, inoltre, di utilizzare termini che possano indurre in errore il consumatore, suggerendo che un prodotto o i suoi ingredienti siano biologici.

L'articolo 24 del regolamento (CE) 834/2007 prevede tre tipologie di indicazioni obbligatorie che devono essere apposte nelle etichette o sulle confezioni dei prodotti biologici:

· il numero di codice dell'organismo di controllo cui è soggetto l'operatore che ha effettuato la produzione o la preparazione più recente. Il legislatore nazionale, con il decreto ministeriale n. 18354 del 27 novembre 2009, così come modificato dal decreto ministeriale n. 8515 del 28 maggio 2010, ha precisato che tale codice contiene il numero di riferimento attribuito dal Ministero delle Politiche agricole alimentari, forestali e del turismo a ciascun organismo di controllo, preceduto dal termine bio, dalla sigla IT e dalla dicitura "Organismo di Controllo autorizzato dal MiPAAF" (oggi MIPAAFT). Il decreto ministeriale, inoltre, aggiunge che sui prodotti preconfezionati da agricoltura biologica dovrà essere riportato anche il codice identificativo attribuito dall'organismo di controllo all'operatore che ha effettuato la produzione o preparazione più recente, preceduto dalla dicitura "operatore controllato n. [...]";
· il logo comunitario, che dovrà essere apposto sulle etichette degli alimenti preconfezionati;
· quando è utilizzato il logo comunitario dovrà essere anche presente, nello stesso campo visivo, un'indicazione del luogo in cui sono state coltivate le materie prime agricole di cui il prodotto è composto, in particolare "Agricoltura UE", "Agricoltura non UE" o "Agricoltura UE/non UE", a seconda che la materia prima agricola sia stata coltivata rispettivamente nell'Unione europea, in Paesi Terzi, o in parte nell'Unione e in parte in un Paese terzo. Le indicazioni "UE" e "non UE" possono essere sostituite con l'indicazione del Paese, qualora ivi siano state coltivate tutte le materie prime agricole.

Le etichette dei prodotti biologici prima di essere immesse sul mercato necessitano dell'approvazione degli organismi di controllo, i quali, congiuntamente all'Ispettorato centrale della tutela della qualità e repressione frodi dei prodotti agroalimentari, rappresentano i soggetti deputati alla vigilanza sulla corretta etichettatura dei prodotti.