La Conferenza Stato-Regioni ha sancito l'intesa sulle "Linee guida per la gestione operativa del Sistema di Allerta per alimenti, mangimi e materiali destinati a venire a contatto con gli alimenti".

Per l'individuazione del livello di rischio e quindi per l'attivazione dell'allerta, le Linee guida fanno riferimento ai criteri definiti dalla Commissione europea, ai quali si accompagnano alcune indicazioni utili all'autorità competente nella corretta gestione del sistema. Rientrano nel campo di applicazione delle Linee guida anche eventuali riscontri provenienti dall'autocontrollo.

Se un alimento o un mangime a rischio fa parte di una partita, lotto o consegna di alimenti/mangimi della medesima classe o descrizione si presume che tutti gli alimenti o mangimi contenuti in quella partita, lotto o consegna, siano a rischio a meno che a seguito di una valutazione approfondita risulti infondato ritenere che il resto della partita, lotto o consegna sia a rischio.

Non rientrano nel campo di applicazione della linea guida soltanto i criteri microbiologici di igiene di processo e le frodi commerciali che non rappresentano un rischio effettivo o potenziale per il consumatore.