A preoccupare principalmente il comparto agricolo, tra i problemi che riguardano la qualità e la sicurezza alimentare, è il tema dell'emergenza fosfiti negli ortofrutticoli biologici. 

La permanenza dei fosfiti nelle colture e nei prodotti agricoli è dovuta principalmente a diversi fattori, tra cui l'inibizione dei processi metabolici per mancata reattività della pianta e incapacità di smaltire sia gli accumuli di sostanze nutrienti e fitosanitari immessi nelle specifiche pratiche di coltivazione sia gli agenti inquinanti ambientali. Permanenza che può derivare anche dall'utilizzo di materie prime inquinate da fosfiti utilizzate nella produzione di concimi (come letame ed alghe) così come dall'uso illecito di prodotti per la difesa (quali il fosetil-alluminio ed il fosfonato di potassio non ammessi in agricoltura biologica) o dall'"effetto deriva".

Il fosetil-alluminio, in particolare, è un principio attivo sintetico da alcuni anni al centro dell'interesse nel settore delle produzioni ortofrutticole. Questo fosforganico, impiegato come anticrittogamico sistemico, in particolare contro la peronospora, è largamente diffuso per le particolari caratteristiche funzionali della molecola.

Il fosetil-alluminio, infatti, viene rapidamente assorbito e traslocato dalle radici ad ogni parte della pianta e, mentre è inattivo in vitro, viene metabolizzato da quest'ultima stimolando l'attivazione di meccanismi di difesa naturali, come la produzione di fitoalessine e fenoli.

Mentre in agricoltura convenzionale il principio attivo è impiegabile, se pur regolamentato (regolamento (UE) 2019/552) nelle concentrazioni nel prodotto finito (in termini di limiti massimi di residui (Lmr), come somma di fosetil-alluminio, acido fosfonico e dei loro sali, espressa in fosetil-alluminio) a seconda della tipologia di vegetale, nelle colture biologiche ne è vietato l'uso. Una corretta analisi dei residui nei prodotti risulta, quindi, di importanza cruciale per valutare la conformità o meno al regolamento di riferimento. Proprio da questo aspetto sono sorte numerose controversie, dovute al gran numero di falsi postivi generati dalle analisi chimiche effettuate secondo le indicazioni del regolamento tecnico n. 16 di Accredia.

Il composto, infatti, una volta applicato, degrada in acido fosforoso/fosfonico, che viene rilevato, così come la molecola parentale, da analisi in LC-MS (cromatografia liquida-spettrometria di massa). L'analisi del fosetil-alluminio e dell'acido fosfonico riguarda principalmente due settori: il settore vitivinicolo - in particolare i vini biologici - e il settore ortofrutticolo.

Nei prodotti ortofrutticoli da agricoltura biologica, la rilevazione analitica del solo acido fosforoso/fosfonico in concentrazioni > 0,01 mg/kg, con fosetil-alluminio nativo non rilevato, non porta necessariamente ad escludere l'uso di mezzi tecnici non ammessi o ammessi o irregolari per la presenza di fosfito e acido etilsolfonico non dichiarati; in casi simili, sono necessarie ulteriori analisi di approfondimento.